Ce fut à l'origine une petite forteresse érigée par les Almoravides pour lutter contre les tribus Bouraghouata. Toutefois son histoire ne débute qu’avec les Almohades qui en font un ribat surplombant l'embouchure de l'oued Bou Regreg.

Le site tomba en désuétude après les Almohades et c’est l’arrivée des Morisques d'Andalousie qui va le faire renaître,  chassés d'Espagne, y débarquèrent au début du XVIIème siècle, elle prit le nom de Kasbah Andalouse et devint même une République autonome de corsaires (avec Salé) de 1621 à 1647.  C'est en 1833, lorsque la tribu Oudaya chassée de Fès par le sultan Moulay Abderrahman s'y installa, qu'on lui donna définitivement le nom de Kasbah des Oudayas (ou Kasbah des Oudaïas).

La Kasbah allait être restaurée et renforcée. La dynastie alaouite va à son tour entreprendre des travaux d’aménagement du site entre 1757 et 1789 puis entre 1790 et 1792. Toute cette histoire agitée du site transparaît à travers les monuments qui composent la Kasbah des Oudaya tel l’enceinte almohade et sa fameuse porte monumentale (Bab el Kébir) un des emblèmes de l’architecture almohade, la mosquée connue sous le nom de Jamaa el Atiq, l’enceinte alaouite et la maison princière dressée à l’ouest et l’ouvrage militaire borj Sqala.